Los agotes fueron un grupo social documentado desde la Edad Media en el norte de la península ibérica y el suroeste de Francia, con presencia destacada en Navarra, en particular en el valle de Baztán, donde se asentaron en núcleos como el barrio de Bozate en Arizcun, población natal de Juan de Goyeneche, y testigo directo de la discriminación que se ejercía sobre los agotes por ser vecinos suyos, y una de las causas que también se alude como razón para traerles a la construcción del nuevo complejo, ya que con esto les salvaría de este maltrato. Su existencia está constatada al menos desde el siglo XI, cuando aparecen mencionados en el Fuero Antiguo de Navarra, lo que indica que ya entonces eran considerados un colectivo diferenciado.

Durante la Edad Moderna, entre los siglos XV y XVII, su marginación se consolidó como una práctica social generalizada. Los agotes fueron objeto de una fuerte discriminación basada en creencias que los identificaban como un grupo impuro o peligroso. Se les llegó a considerar descendientes de leprosos o de herejes, lo que, en una sociedad profundamente marcada por el temor a la enfermedad y por la pureza religiosa, los situaba fuera del orden social establecido.

La asociación con la lepra, una de las enfermedades más temidas y rechazadas socialmente de la época, generó miedo al contacto físico y justificó su aislamiento. Al mismo tiempo, su vinculación con la herejía implicaba una supuesta desviación de la fe, lo que reforzaba su rechazo dentro de comunidades donde la religión era el principal elemento de cohesión social. Estas creencias provocaron desconfianza, rechazo social y una separación constante respecto al resto de la población.

Durante varios siglos, desde la Edad Media hasta bien entrado el siglo XIX, estas ideas se mantuvieron en la sociedad, a pesar de no tener base real, y sirvieron para justificar y perpetuar su exclusión dentro de la comunidad.

Como consecuencia, se les impusieron numerosas restricciones. Vivían en barrios separados, no podían mezclarse con el resto de la población y tenían limitado el acceso a los bienes comunales, como tierras, pastos o montes, lo que en la práctica les impedía dedicarse a la agricultura y la ganadería en igualdad de condiciones. Por ello, quedaron limitados principalmente a oficios manuales como la carpintería, la cantería, la fabricación de utensilios o la música. Asimismo, sufrían una clara discriminación en el ámbito religioso, donde debían ocupar espacios diferenciados y no participaban en igualdad en los ritos. Incluso su contacto físico era evitado, reflejo del temor social que existía hacia ellos.